Součástí první vlny výzkumu CZEPS bylo také téma wellbeingu. Wellbeing jsme měřili prostřednictvím mezinárodní standardizované škály mentálního blaha složené ze sedmi položek. Konkrétně nás zajímalo, zda se úroveň wellbeingu liší z hlediska genderu. Na základě odpovědí od 22 335 žáků a žákyň prvních ročníků lze konstatovat, že mezi těmito dvěma proměnnými existuje souvislost. Výsledky ukázaly, že téměř dvě pětiny (38 %) dívek mají nízkou úroveň wellbeingu, více než polovina (51 %) střední a pouze 11 % dosahuje vysoké úrovně wellbeingu. V případě chlapců je situace výrazně pozitivnější, neboť vysokou úroveň wellbeingu má 29 % chlapců, nadpoloviční většina (54 %) střední a nízkou úroveň necelá pětina (17 %). Naše výsledky rovněž ukázaly, že nadpoloviční většina (55 %) žáků a žákyň, která se identifikuje jiným genderem než muž či žena, má nízkou úroveň wellbeingu. Wellbeing budeme měřit v každé vlně našeho výzkumu, abychom mohli sledovat, zda se jeho úroveň v průběhu středoškolského studia u žáků a žákyň mění a jaké faktory za touto změnou stojí.
